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« Nous pouvons déchiffrer un génome humain en moins de deux semaines » Version imprimable de cet article envoyer l'article par mail title=
14 décembre 2010 10h31

Denis Milan est directeur de la plateforme Génome et transcriptome au sein de la Génopôle de Toulouse (GIS Génotoul), et directeur du département de génétique animale à l’Inra de Toulouse. Crédit : Denis Milan.

Pour Denis Milan, de la Génopôle Midi-Pyrénées, les performances des nouvelles machines de séquençage ouvrent de nouvelles applications en agronomie et en santé humaine.

La 7ème édition de Génotoul, la manifestation régionale annuelle consacrée à la génétique, qui s’est tenue le 10 décembre à Toulouse, avait cette année pour thème les progrès du séquençage. Comment cette méthode qui consiste à déchiffrer le génome a-t-elle évolué ?

Les plus récentes des machines appelées « séquenceurs » permettent aujourd’hui de déchiffrer simultanément près d’un milliard de petits fragments d’ADN issus d’un génome qu’on a au préalable découpé. Le résultat, c’est qu’aujourd’hui il faut moins de deux semaines pour séquencer un génome humain entier, alors qu’il avait fallu près de dix ans, et plusieurs milliards de dollars d’investissement, pour en établir la première séquence. Les performances de ces machines ont augmenté de façon considérable.

Quel est l’intérêt de déchiffrer un génome, et de manière aussi rapide ?

L’objectif est d’identifier sur le génome les gènes intéressants, que ce soit pour l’agronomie, la bactériologie ou la génétique humaine. Ainsi, pour les plantes, on vise par exemple les gènes qui confèrent de meilleurs rendements ou une résistance à une maladie.

Pour les animaux, à terme, le séquençage rapide nous permettra, en comparant le résultat avec des banques de données, d’identifier les individus les plus performants pour un caractère donné (qualité du lait, descendance nombreuse, efficacité alimentaire, etc.), alors qu’auparavant il fallait élever les animaux sur plusieurs générations pour obtenir ces informations.

Qu’en est-il chez l’homme ?

Chez l’homme, la connaissance des gènes impliqués dans le cancer est un enjeu important. En recherche, on va pouvoir séquencer chez un patient le génome de ses cellules saines et celui des cellules de la tumeur ou des métastases. La comparaison des deux séquences d’ADN permettra de dire quels gènes sont en cause dans la maladie.

Il existe d’ailleurs, pour certains cancers (sein, lymphome…), plusieurs variétés ou « sous-types ». Si on connaît les gènes correspondants à chaque sous-type, on pourra comparer avec le génome du patient afin d’identifier le sous-type dont il est atteint et ainsi proposer une médecine personnalisée. Ce type d’application est appelé à se développer.

Comment se positionne la Génopôle de Toulouse en matière de séquençage ?

La Génopôle de Toulouse s’est dotée cette année d’un séquenceur Hi-Seq 2000 à haute performance, d’un coût de 600000 euros, dont seuls le Génoscope d’Evry, l’Institut Pasteur et Montpellier possèdent aussi un exemplaire. Cette machine très rapide va permettre de développer nombre de nouveaux projets.

Ainsi, à l’Inra de Toulouse, nous allons déchiffrer le génome de la chèvre pour identifier sur celui-ci les polymorphismes (les différentes séquences que peut présenter un même gène), qui déterminent certains caractères, comme la qualité du lait par exemple. Des études similaires sont menées chez le porc, le cheval, le canard, ou chez la vigne pour les végétaux.

Du côté de la recherche médicale, des recherches seront menées sur le cancer mais aussi sur les gènes qui constitueraient des facteurs de susceptibilité à l’obésité, et ce en lien avec la flore intestinale des individus qui joue également un rôle.

Propos recueillis par Jean-François Haït, pour KwantiK !

La génopôle de Toulouse (GIS Génotoul) comporte huit plateformes techniques dotées de matériel scientifique réparties sur l’agglomération toulousaine. Elle permet aux laboratoires de Midi-Pyrénées, publics et privés, de mutualiser des moyens et ainsi de pouvoir accéder à des équipements scientifiques coûteux. La Génopôle de Toulouse emploie 210 personnes dont 164 permanents.


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